A análise transposônica acessível à cromatina por sequenciamento (ATAC-Seq) é uma técnica poderosa que revolucionou o campo da pesquisa epigenética. Ele permite que os pesquisadores mapeiem a acessibilidade da cromatina, que é essencial para entender a regulação gênica e o desenvolvimento da doença.
Este guia abrangente fornecerá uma compreensão profunda da ATAC-Seq, incluindo seus princípios, metodologia, análise de dados e aplicações.
A ATAC-Seq é baseada no princípio de que a cromatina acessível é hipersensível à clivagem pela enzima transposase Tn5. A transposase Tn5 insere sequências adaptadoras nas extremidades dos fragmentos de DNA clivados, que podem ser amplificadas e sequenciadas.
Protocolo Experimental:
Análise de Dados:
Mapeamento Epigenômico:
Pesquisa de Doenças:
Desenvolvimento Farmacêutico:
1. Preparação da Amostra: Colete e lise as células, otimize as condições de fragmentação e purifique as bibliotecas.
2. Sequenciamento: Sequencie as bibliotecas em um sequenciador de próxima geração.
3. Análise de Dados: Mapeie os reads para o genoma de referência, filtre fragmentos de DNA de baixa qualidade e identifique as SCARs.
4. Análise Diferencial: Compare os SCARs entre amostras para identificar alterações na acessibilidade da cromatina.
Kit | Fornecedor | Características |
---|---|---|
Omni-ATAC-Seq Kit for Illumina | Epicentre | Eficiente, baixo viés |
TrueCut ATAC-Seq Library Kit | Active Motif | Alta sensibilidade, fácil de usar |
ThruPLEX DNA-Seq Kit | Takara | Preparação de biblioteca rápida e escalonável |
Algoritmo | Descrição |
---|---|
MACS2 | Chamado de picos robusto e preciso |
PeakRanger | Algoritmo de ponta para identificação de pico |
HOMER | Conjunto de ferramentas abrangente para análise de dados ATAC-Seq |
Banco de Dados | Conteúdo |
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ENCODE | Dados ATAC-Seq de vários tipos de células e tecidos |
Epigenome Roadmap | Dados ATAC-Seq de células estaminais e células diferenciadas |
BLUEPRINT | Dados ATAC-Seq de órgãos e tecidos humanos |
A ATAC-Seq é uma técnica poderosa que tem sido amplamente utilizada para estudar a paisagem epigenômica e sua relação com a regulação gênica e o desenvolvimento da doença. Seguindo as diretrizes e ferramentas descritas neste guia, os pesquisadores podem aproveitar ao máximo a ATAC-Seq para avançar nosso conhecimento sobre a epigenética e suas implicações para a saúde humana.
Incentive os leitores a usar a ATAC-Seq em sua pesquisa explorando novos aspectos da epigenética e desenvolvendo novos tratamentos para doenças.
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